В статье представлены результаты изучения особенностей психофизиологической адаптации учащихся младшего школьного возраста, обучающихся в инновационном образовательном учреждении. Комплексное обследование младших школьников, которое проводилось в течение двух лет обучения – с первого по второй класс, предполагало изучение психофизиологических показателей и оценку состояния регуляторных систем организма. Установлено, что ко второму году обучения у учащихся улучшаются показатели развития когнитивных функций при увеличении напряжения в регуляции деятельности сердечно-сосудистой системы. Школьники, имеющие на начало обучения низкие показатели успеваемости, отличаются от своих сверстников, обучающихся на «хорошо» и «отлично», более выраженной динамикой развития психофизиологических функций в течение двух лет обучения. У мальчиков отмечается более выраженная динамика показателя объема внимания по сравнению с девочками. Процесс адаптации учащихся, имеющих высокую успеваемость, сопровождается усилением симпатической активности в регуляции сердечного ритма, то есть сопровождается большей физиологической «ценой», которую организм платит за эффективность реализуемой деятельности.